Naturwissenschaftlichen Doktorandin mit Schwerpunkt Computational Biology - Freiburg

Die Klinik für Innere Medizin I, Schwerpunkt Hämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation, Zentrum für Translationale Zellforschung (ZTZ), sucht für die Arbeitsgruppe Dr. Petya Apostolova eine*n · Naturwissenschaftliche*n Doktorand*in mit Schwerpunkt Computational Biology ...

Jobbeschreibung

Die Klinik für Innere Medizin I, Schwerpunkt Hämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation, Zentrum für Translationale Zellforschung (ZTZ), sucht für die Arbeitsgruppe Dr. Petya Apostolova eine*n

Naturwissenschaftliche*n Doktorand*in mit Schwerpunkt Computational Biology / Bioinformatik / Systems Immunology (m/w/d)

Das Forschungsprojekt beschäftigt sich mit den zellulären und molekularen Mechanismen des Immune Escape bei akuter myeloischer Leukämie (AML). Ziel ist es, mithilfe modernster Metabolom- und Single-Cell-Transkriptomanalysen Signalwege und metabolische Interaktionen zu identifizieren, die das Zusammenspiel zwischen Leukämie- und Immunzellen steuern. Weiterhin sollen bioinformatische Tools zur Analyse von Metabolomics Daten und zur Intergation von Metabolomics und Transcriptomics Daten weiterentwickelt werden.

Wir bieten Ihnen:

• eine Forschungsgruppe mit modernster Technologie und internationalem Umfeld
• strukturiertes Mentoring zur Entwicklung von bioinformatischen Fähigkeiten, insbesondere für die Analyse von Metabolomics und Single-cell-transcriptomics Daten
• Zugang zu High-Performance-Computing-Ressourcen und modernsten Einzelzell-Plattformen
• intensive Betreuung und interdisziplinäre sowie internationale Kooperationen
• Teilnahme an der Graduiertenschule des CRC 1479 "OncoEscape"
• ein motiviertes Team und UKF-Benefits (z.B. JobTicket UKF)

Einblick in Ihre Aufgaben:

• Analysen von Daten aus modernen Omics-Technologien (z.B. Metabolomics, Single-cell RNA-Sequenzierung, Spektral-Flow-Zytometrie)
• Anwendung und Weiterentwicklung bioinformatischer Methoden für die Analyse von Metabolomics Daten und ihre Integration mit anderen Modalitäten
• Zusammenarbeit mit klinischen und experimentellen Partnern zur biologischen Validierung der Ergebnisse
• Anfertigung einer naturwissenschaftlichen Dissertation im Bereich Tumor- und Transplantationsimmunologie

Ihr Profil:

• abgeschlossenes Masterstudium in Bioinformatik, Systembiologie, Computational Biology oder verwandtem Fachgebiet
• sehr gute Kenntnisse in R und/oder Python sowie in Bash/Shell-Scripting
• Interesse an Immunonkologie, Metabolismus und Datenintegration
• Interesse an der Zusammenarbeit mit Grundlagenwissenschaftler*innen und Kliniker*innen und an translationaler Forschung
• Erfahrung in der Analyse von Metabolomics Daten von Vorteil
• Erfahrung in der Analyse von Sequencing Daten von Vorteil
• Erfahrung mit Code-Versionierung (GitHub/GitLab) sowie Grundkenntnisse in Workflow-Management-Systemen (z.B. Snakemake) und High-Performance-Computing-Umgebungen wünschenswert
• selbstständige, strukturierte Arbeitsweise und analytisches Denken
• Teamfähigkeit und gute Englischkenntnisse

Die Stelle ist zunächst auf 2 Jahre befristet zu besetzen (TV-L, 65%) mit der Option auf Verlängerung.

Wir freuen uns über Ihre Bewerbung mit allen üblichen Unterlagen über unser Online-Portal.

Universitätsklinikum Freiburg

Klinik für Innere Medizin I

Dr. Petya Apostolova

Hugstetter Str. 55, 79106 Freiburg

Fragen? Dann kontaktieren Sie bitte:

Dr. Petya Apostolova

petya.-

(bitte senden Sie keine Bewerbung an diese Mailadresse)

Allgemeiner Hinweis: Die Vergütung erfolgt nach Tarif. Vollzeitstellen sind grundsätzlich teilbar, soweit dienstliche oder rechtliche Gründe nicht entgegenstehen. Schwerbehinderte Bewerber*innen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt. Einstellungen erfolgen durch die Abteilung Personalbetreuung.